黑龍江省煙草公司成立于1982年7月，黑龍江省煙草專賣局成立于1983年4月，1984年4月，黑龍江省煙草公司上劃中國煙草總公司，更名為中國煙草總公司黑龍江省公司，歸屬國家煙草專賣局、中國煙草總公司統一管理，實行“統一領導、垂直管理、專賣專營”的體制，主要負責全省煙草卷煙經營、煙葉生產經營和市場管理等工作，承擔國有資產保值增值責任。2006年，完成母子公司體制改革。

目前，黑龍江省煙草專賣局、中國煙草總公司黑龍江省公司下轄哈爾濱、齊齊哈爾、大慶、牡丹江、佳木斯、綏化、雞西、雙鴨山、伊春、七臺河、鶴崗、黑河、大興安嶺、綏芬河等14個地市級煙草專賣局（公司），黑龍江省煙草公司哈爾濱煙葉公司、黑龍江省煙草公司牡丹江煙葉公司、中國煙草黑龍江進出口有限責任公司、黑龍江煙葉復烤有限公司、黑龍江煙草投資管理有限公司、牡丹江煙草科學研究所。其中，全省14個地市級煙草專賣局（公司）下轄縣級煙草專賣局（分公司）65個。黑龍江省局（公司）機關下設15個職能處室、8個專業部門和黑龍江省煙草專賣局鐵路分局。