寧夏回族自治區煙草專賣局、寧夏回族自治區煙草公司經寧夏回族自治區人民政府批準于1983年10月成立，1984年4月掛牌。1986年1月，寧夏回族自治區煙草公司上劃中國煙草總公司，更名為中國煙草總公司寧夏回族自治區公司，與寧夏回族自治區煙草專賣局一套機構、兩塊牌子。

目前，寧夏回族自治區煙草專賣局（公司）下轄銀川、石嘴山、吳忠、固原、中衛等5個地市級煙草專賣局（公司），永寧、賀蘭、靈武、興慶區、金鳳區、西夏區、平羅、惠農區、大武口區、青銅峽、鹽池、同心、利通區、紅寺堡區、中寧、海原、沙坡頭區、西吉、彭陽、涇源、隆德、原州區等22個縣級煙草專賣局（分公司）。

自治區局（公司）機關下設辦公室（外事辦公室）、綜合計劃處（經濟運行處）、專賣監督管理處（專賣稽查總隊）、內部專賣管理監督處、政策法規與體制改革處、財務管理處、審計處、人事處、黨建工作處、紀檢監察處（與黨組紀檢組合署辦公）、安全管理處、卷煙銷售管理處等12個職能處室；機關服務中心、信息中心、煙草學會秘書處、規范管理辦公室、群團工作處（工會辦公室）等5個專業部門；中國煙草總公司寧夏回族自治區公司物流中心1個非法人分支機構。